Los parásitos que producen enfermedades transmitidas por el agua pueden ser divididos en tres grupos: protozoos, gusanos planos y gusanos cilíndicos o nematodos. Son mucho más grandes que las bacterias, pero la mayoria requiere para su observación el uso del microscopio. La mayoría crecen en el tracto gastrointestinal del hombre y de los animales pero otros estan en los tejidos.

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Las formas quísticas de los protozoos son muy resistentes a los desinfectantes habituales (compuestos clorados) utilizados en el tratamiento de potabilización del agua de consumo. Un tratamiento convencional reduce la concentración de quistes de protozoos en el agua pero no asegura su desaparición.

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Muchas especies de protozoos pueden infestar al hombre y producirle enfermedades. Si bien la vía de contagio más habitual de estos protozoos es la vía directa del ciclo fecal-oral, algunos de ellos como Entamoeba histolytica, Giardia lamblia, Cryptosporidium sp., Balantidium coli e Isospora belli puden ser transmitidos indirectamente por el agua y los alimentos contaminados.

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Es una gastroenteritis con diarrea crónica, expulsión frecuente de heces laxas, pálidas y grasosas, así como fatiga. Puede aparecer tambien dolores abdominales, náuseas, pérdida del apetito. Sin tratamiento los síntomas pueden durar varias semanas al cabo de las cuales disminuyen o desaparecen para posteriormente reaparecer. La enfermedad puede durar más de tres meses, pero no es fatal. Sin embargo, puede agravar la desnutrición y fatiga. Es más prevalente en los niños.

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Las Giardia lamblia o intestinalis es un ejemplo de protozoo transmitido por agua. Este parásito se encuentra en aguas o alimentos con contaminación fecal. Su habitat es el tracto intestinal de animales incluido el hombre. Hasta que apareció el Cryptosporidium en la decada de los 90 la Giardia era el patógeno trasmitido por agua más importante. Produce el 25 % de las gastroenteritis.

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La transmisión es fecal-oral por agua, aunque tambien puede ser por alimentos y por el mecanismo mano a boca. Animales como las ratas son portadores conocidos. Han ocurrido brotes a través de fuentes contaminadas de agua, y por manipulación de alimentos con manos contaminadas. Los individuos infectados arrojan cantidades grandes de quistes a lo largo de toda la duración de su enfermedad.

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Las infecciones son asintomáticas o leves (diarrea acuosa 2-4 dias) en individuos sanos. En niños tiene mayor duración (2-4 semanas). En inmunosuprimidos y SIDA la infeccion dura toda la vida. Actualmente no existe tratamiento. Las revisiones serológicas indican que el 80 % de la población ha tenido cryptosporidiosis.

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Cryptosporidium parvum es un protozoo parásito patógeno emergente. La dosis infectiva es menos de 10 microrganismos. La transmisión es fecal-oral. Principalmente por agua, leche o vegetales contaminados. Tambien existe la transmisién de individuo a individuo. El esporoquiste es resistente a los desinfectantes habituales. Las epidemias estan principalmente asociadas al agua y a las comidas de las guarderias infantiles. En caso de epidemia utilizar agua hervida.

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Cyclospora cayetanensis es un parásito unicelular (8-10 micras) antiguamente clasificado como cianobacteria o cocidio. La primera infección fue descrita en 1979. Infecta el intestino delgado y da un cuadro leve de diarreas acuosas con defecaciones frecuentes (a veces explosivas) que dura pocos dias. Por las heces se eliminan los ooquistes que contaminan las aguas y los alimentos. Prevención: Evitar agua y alimentos contaminados con heces.

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La amebiasis varía desde una disentería aguda o fulminante, con fiebre, escalofríos y diarrea sanguinolenta o mucoide (disentería amibiana), hasta un malestar abdominal leve con diarrea con sangre o moco que alterna con períodos de estreñimiento o remisión. La infección a largo plazo puede causar úlceras o abscesos que a menudo conducen a infecciones secundarias. La muerte por disentería amebiana es rara. Está producida por la Entamoeba histolytica.

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La transmisión se efectúa principalmente a través de agua contaminada con heces, hortalizas contaminadas o manipuladores de alimentos que son portadores y no siguen una higiene adecuada. Es de distribución mundial. Hay dos formas de vida que pueden transmitir la infección el quiste y el trofozoito. El trofozoito es sensible a pH ácido y a agentes oxidantes. Los quistes son muy estables en el ambiente y son resistentes a la desinfección. Las epidemias se producen más comúnmente por beber agua contaminada. Los casos asintomáticos pueden ser portadores durante años.

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Producida por el Balantidium coli (protozoario). Cursa con diarrea, náuseas y vómitos; las heces pueden contener sangre. Como en la amebiasis, puede causar disentería y tiene dos etapas infectivas (quiste y trofozoito). A menudo se confunde con la amebiasis.

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Producida por el Ascaris lumbricoides (gusano redondo). Gusanos vivos son expulsados con las heces o a veces por la boca o por la nariz; la mayoría de los casos (85% approx.) son asintomáticos. Especialmente en niños, causa desnutrición, exitación e insomnio. Casos avanzados presentan obstrucción intestinal, carencia nutricional grave; si migran a los pulmones puede ocurrir tos y silbidos.

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La transmisión es por ingestión de huevos infectantes procedentes del agua o suelo contaminados con heces humanas. Es de ocurrencia a nivel mundial con incidencia más alta en áreas calientes y húmedas. Los seres humanos son el único reservorio conocido, pero animales domésticos como perros, cerdos y pollos pueden servir como vectores por ingerir heces humanas que contienen huevos de áscaris.